Возврат 13% налога с лечебных процедур

Можно получить вычет у работодателя (но не вижу смысла, поскольку год уже заканчивается).
вам подходит получение вычета через налоговую инспекцию.
тут вы ничего не пропустили, так как обратиться в налоговую с этим вопросом можно в течение 3-х лет с момента окончания года, в котором произведена оплата услуг. 2018-ый год еще не окончен, так что вы вполне вовремя.

теперь подробнее:
1. вам нужно собрать пакеты документов, подтверждающих расходы на оплату услуг клиники.
это:
- копия договора на оказание платных услуг,
- копии чеков (квитанций иили иных документов, подтверждающих оплату),
- справку об оплате медицинский услуг клиники специальной формы (она утверждена приказом минздрава и бухгалтерия клиники должна знать эту форму для предоставления в налоговую). обратите внимание, в справке должны ыть указаны реквизиты лицензии на оказание мед. услуг (если их нет - требуйте копию лицензии).
2. по окончании года - берите у работодателя справку формы 2-ндфл о своих доходах за 2018 год.
3. заполняете декларацию формы 3-ндфл. сделать это можно через специальную программу (после 1 января 2019 года она обязательно появится на сайте фнс; скачивайте и заполняйте - там ничего сложного).
4. пишите заявление на возврат (его форму тоже можно найти на сайте налоговой). в заявление указываете реквизиты банка и счета (естественно, своих).
5. декларацию + справку + пакет документов + заявление - подаете в налоговую инспекцию по месту регистрации. сделать это можно лично или по почте. а если вы зарегистрируетесь в личном кабинете налогоплательщика - то и онлайн.
на предоставление декларации у вас три года: с 1 января 2019-ого по 31 декабря 2021-ого, в любой день.

декларация проверяется 2 месяца и еще один отводится на сам возврат. так что деньги вы должны получить в течение 3-х месяцев с момента подачи декларации.