Директор предприятия отрицает свои обязанности согл. ст. 53.1гк рф и устава предприятия. как это понимать？

Пусть собственники разбираются в поведении директора.
а вам, искренне рекомендую, облекать свои слова в более материальную форму, например в докладные записки, в которых указывать конкретные недочёты и риски, которые могут наступить, иначе к вашим словам всерьез относится не будут.