Чем отличается апелляционная жалоба от кассационной и какую лучше подавать в арбитражный суд?

От Вашего выбора здесь ничего не зависит. Решения арбитражного суда первой инстанции обжалуются только в апелляционном порядке. Для сведения: В апелляционном порядке дела пересматриваются заново, вновь исследуются имеющиеся доказательства, допускается предоставление новых . В Кассационной инстанции ничего подобного не происходит. Рассматриваются допущенные нарушения норм материального и процессуального права, соответствие выводов суда фактическим обстоятельствам дела и т.д.