Чем отличаются филиалы от обособленных подразделений, какие плюсы и минусы?

Кардинальное отличие в форме налоговой отчетности, и в том куда она сдается. А именно: филиал отчитывается в ИФНС по месту регистрации филиала, а обособленное подразделение лишь встает на учет в районном ИФНС, а всю отчетность за него сдает головная организация. Ваш выбор в пользу первого или второго варианта определяется лишь экономическими соображениями и надежностью исполнителей.