Можно ли подавать одно исковое заявление сразу на 2-а филиала компании?

Что-то я не понял. А как Вы будете подавать иски к филиалам ? В соответствии с п.3 ст. 55 ГК РФ " Представительства и филиалы не являются юридическими лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений". Так что, подавать исковое к головной компании не можно, а нужно. В противном случае иск просто вернут.