Может ли суд назначить экспертизу при отсутствии ответчика по уважительной причине?

Может и вынесет. Вы можете обжаловать определение, но как правило Вам откажут. смысл затягивать рассмотрение дела, это и в ваших интересах тоже. Если Вас не устроит заключение эксперта, ходатайствуйте о вызове эксперта в судебное заседание для пояснения заключения.