По госконтракту произв. ремонт кровли, в ходе работ затоплено часть здания (дождь)

Непонятен смысл вашего вопроса если вы имейте ввиду: "кто несет ответственность в случае того, что затопило часть здания?" - то до приемки несет подрядчик.

Я бы сделал это претензией. Подстраховался бы актом осмотра, подписанным заказчиком и подрядчиком, в котором указал бы, что комиссией установлен факт причинения ущерба имуществу заказчика, причина - подрядчик не предпринял мер по обеспечению сохранности имущества заказчика в ходе проведения работ, хотя должен был это сделать. Потом заказал бы оценку для определения стоимости восстановительного ремонта. В принципе, вместо/вместе с оценкой можно сделать экспертное заключение, которое покажет, что повреждение имущества произошло из-за действий подрядчика, так будет вообще замечательно. Потом направил бы претензию подрядчику, на основании которой он бы и расплатился. Можно убрать акт и оценку, оставив только претензию, но подрядчик может неожиданно передумать.