Подскажите пожалуйста, могу ли я выслать претензию на электронный адрес организации, который есть на ее сайте?

Можете, только в случае суда эта претензия вряд ли будет надлежащим доказательством: во-первых, у вас нет, скорее всего, электронной цифровой подписи, и как докажете, что её отправили именно вы? во-вторых, организация всегда может сказать, что ничего не получала, и доказать обратное будет практически невозможно. так что лучше старым дедовским способом - заказным письмом с уведомлением.