Как физ. лицу уведомить организацию, что бы на судебном заседании организация не заявила: "мы ничего не получали"

Вообще-то никак не докажите, что в письме был документ именно с таким содержанием.

при отправке письма с объявленной ценностью, максимум можете доказать, что был отправлен некий документ, его название, номер дата (т. е. реквизиты) будут указаны в описи вложения. а вот его содержание - не будет.

но, такой детализации суды не требуют.

если же вы хотите чтобы были доказательства направления именно конкретного содержания ваших великих письмён, то путь вам на телеграф, отправляйте телеграмму с уведомлением и копией. работник телеграфа перепишет ваш текст, выдаст вам его вам со своей подписью, и тогда да, у вас будет доказательства что вы направили куда-то именно текст "вася - дурак" и никакой иначе.

но это стоит конечно денег побольше чем письма.