Умер папа. в своей собственной квартире не был прописан.

Нотариус никак не мг требовать справку о регистрации в собственной квартире, видимо не поняли.
в соответствии со ст. 1153 гк рф для принятия собственности умершего наследник должен обратиться к нотариусу с заявлением о его принятии и получить свидетельство именно по месту его открытия. при этом он обязательно предоставляет нотариусу документы, подтверждающие последнее место проживания покойного. например, если гражданин был зарегистрирован, как постоянно проживающий в г. краснодар, то наследник не может обратиться к нотариусу, ведущему свою деятельность в г. туапсе. думаю, что теперь поняли.
если в одном населенном пункте в одном месте регистрация, в другом месте пребывал и наследственное имущество в этом же нас. пункте (городе, поселке..) проблемы вообще не будет. не переживайте, получите наследство. удачи!