Арест счета юр лица в качестве обеспечения судебного иска, законно ли это?

Да, законно.
статьей 91 арбитражно-процессуального кодекса рф предусмотрена такая мера обеспечения иска как арест денежных средств на счете. производится он на основании определения арбитражного суда по ходатайству истца, причем рассматривается такое ходатайство на следующий же день как поступило в суд и исполняется немедленно. при этом, кстати, ходатайство рассматривается без присутствия сторон.
такой арест именно обеспечивает иск, т. е. как бы страхует истца от возможной потери средств при выигрыше дела в суде.
увы, можно только оспаривать обеспечительную меру.
что делать с зарплатой, вам уже написали.