Что делать в случае если в гпх есть пункт о соблюдении правил внутреннего трудового распорядка?

А чего вы хотите? можно признать договор, фактически регулирующим трудовые отношения, а не гражданско - правовые и согласно п. 5.27 пп. 3 работодатель будет оштрафован, штраф на юр. лицо от 50 до 100 т. р., на должностное от 10 до 20 т. р.
можно написать обращение в гит о том, что с вами не заключили трудовой договор, а гражданско- правовой, что нарушает статью 15 тк рф.

но работать вы уже после этого не будете.