Суд выдал ил, ответчика обязали оплатить сумму иска, но до выхода ил, ответчик погасил долг, но не пени.

Ничего не делай. всё пучком. приставам будет плевать, погасил он или нет. если честно, то и суду будет плевать. судья не будет ничего исправлять. пристава взыщут с него всю сумму по исполнительному.. менять в нем что-либо у них нет права.. и ему ничего не поменять.. только дождаться, когда вы получите от приставов сумму, и потребовать назад бабки на основании неосновательного обогащения.. если он протупит-то вся сумма дважды взысканная останется у тебя=)))