Вопрос, на каком основании нотариус отказал нам в заверении документа с фото (паспорт и военный билет)

Если необходимо, надо у нотариуса взять документ, который подтверждает, что такое заверение сделать не представляется возможным в силу прямого запрета действующего законодательства, там и будет нужный ответ на поставленный вопрос, кстати такой ответ может пригодится, для подтверждения, что данное действие невозможно выполнить, т. к. действующее законодательство и т. д. и т. п.