Можно ли подать иск в арбитражный суд?

Может. у вас даже не возникло бы вопроса, если бы вы четко понимали сущность ип. это не отдельный субъект, который можно создать (открыть) или уничтожить (закрыть). ип не открывают и не закрывают. физическое лицо регистрируется в качестве ип и соответственно прекращает такую регистрацию. другими словами государство выдает гражданину разрешение на ведение предпринимательской деятельности. так вот в вашем случае юр лицо заключило договор с физ лицом (имеющим разрешение на предпринимательскую деятельность). прекращения ответственности юр лица перед физ лицом по договору в связи с прекращением действия разрешения на предпринимательскую деятельность гк не предусматривает. и раз физ лицо никуда не делось и не потеряло своих прав, то оно может обратиться в суд за защитой.