Договор грузоперевозки: изначально оплата производилась за км., в последующем за часы, но за часы в договоре не прописал

Консультировать по порядку исполнения договора не видя сам договор, актов приема передачи, счет-фактур сложно, но можно сказать одно если оплата "за часы" в договоре и дополнительном соглашении к нему не прописана, то заказчик вправе платить только за км. Договором признается соглашение двух или нескольких лиц об установлении, изменении или прекращении гражданских прав и обязанностей (ст. 420 ГК РФ). Если в Вашем договоре конкретно прописано, что все изменения и дополнения к договору должны быть оформлены в письменной форме, то в суде вы опираться на заключенный договор. Факт "заказчик несколько раз оплатил счета выставленные за часы" не является доказательством. Мой совет пересчитайте часы на км. и обращайтесь сперва к заказчику с претензией, а потом в суд с иском.