Как подать в суд за неуплату одному юр лицу на другого, с учетом того, что они в разных концах страны зарегистрированы?

Как обычно. подготовить исковой материал в соответствии с нормами апк рф и направить в суд по месту нахождения ответчика, если между сторонами письменно не согласована, договорная подсудность, например по месту нахождения истца. можно почтой, ехать необязательно. можно заявить ходатайство о рассмотрении дела без участия истца, тогда и в суд являться будет необязательно, но это уместно в случае относительно небольшой суммы иска, когда выигрыш не слишком принципиален. в противном случае участие в процессе крайне желательно. в некоторых судах есть возможность провести суд. заседание с участием сторон посредством сети интернет.