Начальство просит составить акт подтверждающий оплату покупателем товара. подскажите как это вообще должно выглядеть?

Ну можно попробовать распиской.
я такой-то оплатил такую-то сумму в размере такой-то такому-то по договору купли-продажи.
вопросов много можно задать, что за начальство, что продаем, почему нет кассы.

в соответствии со ст. 161 гк рф должны совершаться в простой письменной форме, сделки юридических лиц между собой и с гражданами.