Юр. лицо в москве, а филиалы по всей россии, можно ли ooo - подрядчику подать иск по месту нахождения любого из филиалов?

Несколько вариантов:
1) по месту нахождения организации ( в москву) - ст. 28 гпк рф
2) по месту нахождения филиала - ч. 2 ст. 29 гпк рф
3) по месту исполнения договора, если место исполнения указано в договоре - ч. 9 ст. 29 гпк рф
еще советую зайти на сайт http://egrul.nalog.ru/ и проверить указан ли филиал в учредительных документах, если подавать по месту нахождения филиала