Может ли быть прокуратура ответчиком по защите чести и достоинства?

В принципе, кто угодно может быть таким ответчиком. Но Вы должны доказать, что именно конкретная прокуратура "руками и устами" своего сотрудника, исполнявшего свои обязанности, совершила действия, задевшие Ваши честь и достоинство. Ответчиком будет не "конкретный сотрудник" (как советует Тренинг Слишком известная), а прокуратура как учреждение.