На какое платежное поручение ссылаться в счет-фактуре?

Договор предусматривает предоплату в размере 50% и остальную оплату после отгрузки. сделано несколько заявок и несколько счетов на оплату по одному договору. отгрузки производятся не по очередности заявок и счетов. есть предоплата по некоторым счетам не по порядку, а некоторые отгрузки не оплачены. в результате по договору аванс, а по счетам есть и переплата и полностью не оплаченные и предоплата. в платежках ссылка и на счета и на договор. как правильно оформлять в отгрузочной сч-фактуре ссылку на платежный документ по договору или по счетам и делать ли авансовые сч-фактуры по счетам, если по договору аванса нет.