Откуда банк берет 90 дней (просрочка) и подает в суд иск о возврате долга. Именно свыше 90 дней, а не 30 или 60?

Видимо, Вы имеете в виду ипотечный кредит. Банки берут 90 дней потому, что в случае просрочки выплаты ипотечного кредита менее чем 90 дней, суд может отказать банку в требовании о возврате долга и взыскании заложенного имущества по основаниям, установленным п. 1 ст. 54.1 Федерального закона "Об ипотеке (залоге) недвижимости".