Договор заключен в 2007году на аренду транспорта.фактически это был договор поставки.

Ну вы можете внести дополнение к договору аренды транспорта, так как стороны свободны в заключении договора и могут заключать любой договор, а вот в случае изменения договора нужно быть особо внимательными к различным нюансам, т.к. в случае чего, суд может истолковать норму по-разному, так что с договаривающейся стороной нужно уточнить все детали