Каков порядок согласования разногласий к проекту договора? Закреплено ли это законодательством?

Если мы говорим про порядок заключения договора (оферту, акцепт и их изменения), то такого порядка законом не предусмотрено. Я так понимаю, автор вопроса имел ввиду составление протокола разногласий и согласований. Если договор уже заключен, то изменить его можно дополнительным соглашением. Если Вам направлен проект договора, подписанный предлагающей стороной, то это оферта. Вы не согласны со всеми предлагаемыми условиями, подписываете его с пометкой о протоколе разногласий и прилагаете протокол. Это акцепт на иных условиях. То есть не акцепт, а оферта. (443 ГК РФ). Если подписывают протокол - акцепт оферты - договор заключен. Если делают протокол согласований - это новая оферта. Так можно долго продолжать)