А если я свой большой цех перегорожу капитальной стеной, будет ли это реконструкцией, которую нужно узаконить?

ЭТО БУДЕТ НЕ РЕКОНСТРУКЦИЯ, А ПЕРЕПЛАНИРОВКА. Разрешение на перепланировку нужно спрашивать в своем органе местного самоуправления. Но, честно говоря, народ делает перепланировки и никто про это не знает. Но у вас видимо, коммерческое здание, для производства. Если к вам ходят разные проверяющие, либо вы будете продавать здание, вам потребуется привести в соответствие. Самое страшное - попросят привести цех в первоначальное состояние. С другой стороны, у вас сейчас изменилась площадь цеха, это может сказаться на размере налога. Честно говоря, даже если мы меняем двери и окна - это уже считается перепланировкой и нужно бежать спрашивать разрешения в муниципалитете, но никто этого не делает.