Можно ли в порядке ст.410 ГК зачесть долг по договору купли-продажи в счет договора аренды помещения?

Конечно можно, если на это есть Ваше согласие + согласие второй стороны, оформите соответствующий договор или проще - акт взаимозачета в дополнение к договорам аренды и К-П, главное пропишите в нем "реальные" суммы, чтоб в случае чего у налоговой вопросов не было.