Соглашение о смене арендатора в договоре аренды нежилого помещения должен быть двухсторонним или трёхсторонним?

Можно и так, и так. Всё зависит от того, как Вы хотите оформить согласие арендодателя. Если в тексте соглашения, то оно будет 3-хсторонним, если простым письмом, то 2-сторонним. Если это аренда земли сроком более 5 лет, то согласие арендодателя Вам не нужно, поэтому соглашение будет 2-сторонним. ЗЕМЕЛЬНЫЙ КОДЕКС РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ Статья 22. Аренда земельных участков 9. При аренде земельного участка, находящегося в государственной или муниципальной собственности, на срок более чем пять лет арендатор земельного участка имеет право, если иное не установлено федеральными законами, в пределах срока договора аренды земельного участка передавать свои права и обязанности по этому договору третьему лицу, в том числе права и обязанности, указанные в пунктах 5 и 6 настоящей статьи, без согласия собственника земельного участка при условии его уведомления. Изменение условий договора аренды земельного участка без согласия его арендатора и ограничение установленных договором аренды земельного участка прав его арендатора не допускаются. Если иное не предусмотрено настоящим Кодексом, другим федеральным законом, досрочное расторжение договора аренды земельного участка, заключенного на срок более чем пять лет, по требованию арендодателя возможно только на основании решения суда при существенном нарушении договора аренды земельного участка его арендатором.